Er zijn directe vluchten vanuit Quito en Guayaquil (beide op het vasteland van Ecuador) die naar zowel Baltra (voor het eiland Santa Cruz) als San Cristobal vliegen. Na een vlucht van nog geen 2 uur sta je plotseling in een heel andere wereld!
Let op dat alle douane formaliteiten in Quito of Guayaquil plaatsvinden, maar dat je ook bij aankomst op de Galapagos eilanden nog een aparte controle hebt waar je de $ 100 National Park Entrance fee moet betalen en $ 10 apart voor luchthavenbelasting.
Als je reis begint op Santa Cruz vlieg je altijd naar het eiland Baltra. Veel meer dan een vliegveld is dit niet, dus zodra je de luchthaven verlaat word je naar een bootje gebracht waarmee je de korte oversteek maakt naar Santa Cruz. In het noorden van het eiland stap je in de auto / minivan en na een prachtige tour over het eiland (met stop in de Hooglanden) kom je uiteindelijk in Puerto Ayora aan.
De luchthaven van San Cristobal ligt op slechts een paar minuten rijden vanaf je accommodatie. Ideaal ook als je vanaf dit eiland vertrekt!